Az ÁPV Zrt. irányításával kidolgozott környezeti kármentesítési programterv a feladatok végrehajtását két ütemre osztotta fel. Az elsõ ütemben  – amely 2003. végéig tartott –  megtörtént a társaság területén felhalmozott veszélyes hulladék ártalmatlanítása, a talaj és talajvizek szennyezettségét okozó szennyvíz-csatorna hálózat és szennyvízkezelési technológia rekonstrukciója, a korábban leállított gyártástechnológiák eszközeinek mentesítése és részleges bontása, talaj és talajvizek alapvizsgálata.
Az elsõ ütem végrehajtására a tulajdonos ÁPV Rt 3,6 Mrd Ft támogatást biztosított

2003. év elején megkezdõdött a környezeti kármentesítési feladatok második ütemének elõkészítése. A második ütemre vonatkozó tervek a következõ kármentesítési feladatokat tartalmazzák:

1999-2002. között feltárt alapvizsgálatokkal igazolt talaj és talajvíz szennyezettség tényfeltáró munkái, mûszaki beavatkozási tervek elkészítése és engedélyeztetése, majd az engedélyek alapján a végrehajtása. A szennyezett területek mentesítése három telephelyet érintett (Balatonfûzfõ-Litér települések közigazgatási területén lévõ Központi 1 telephelyet, Balatonfûzfõ-Királyszentistván közigazgatási területén lévõ Központi 2 telephelyet és a Papkeszi telephelyet).
A Nitrokémia Zrt. által korábban használt Ipari hulladék lerakók felszámolását. E feladatok három területen jelentkeztek: Királyszentistván külterületén lévõ ún. „Külsõ égetõi hulladéklerakó felhagyása, a Szentgáli hulladék lerakón elhelyezett égetési hulladék (salak) ártalmatlanításra végleges lerakóra történõ elszállítással és szennyvíziszap tárolására használt ülepítõ medencékben felhalmozott iszapok helyben történõ biodegradációs kezelése.
Az iparterület rehabilitációja, területrendezése, amely jellemzõen 2000. és 2006. között leállított gyártástechnológiák területét érinti (klóralkáli elektrolízis, nitrocellulóz, ioncserélõ gyanták gyártása, növényvédõszer gyártástechnológiák).
A Nitrokémia Zrt. környezeti kármentesítési munkái közül mind jelentõségében, mint költségeiben kiemelkedõ jelentõsége volt a higanykatódos klóralkáli elektrolízis üzem felszámolásának és az 560.000 m3 térfogatú ipari hulladéklerakó felszámolásának. Az ipari hulladéklerakó veszélyes hulladéklerakókra vonatkozó szabványok szerint kerül felhagyásra.

E három feladatcsoport végrehajtásához összeségében az ÁPV Rt. 15,4 MrdFt támogatást biztosított 2004-2006. években.
A Nitrokémia Zrt. környezeti kármentesítési feladatainak végrehajtása a második ütemben közbeszerzési eljárásban kiválasztott vállalkozókkal (Konzorciumok) folyik és várhatóan a kármentesítéshez szükséges mûszaki létesítmények építése és bontási munkák elvégzése 2006. végéig befejezõdik. 2006. után azonban szükség van a szennyezett talajvízû területeken a víztisztítás folytatására a „D” kármentesítési célállapot határérték eléréséig.

A Nitrokémia Zrt. által bonyolított környezeti kármentesítés alapvetõ célja a hatályos környezetvédelmi elõírások teljesítése mellett, a terület elõkészítése környezetbarát ipari beruházások számára terület biztosítása, meglévõ infrastruktúra hasznosítása, a környezeti kármentesítés során szerzett tapasztalatok és tudás hasznosítása.